Affiliation
Institute of Advanced Medical Sciences, Department of Bioregulation, Associate Professor
Title
Associate Professor
External link
Yoshida Keisuke
Degree
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PhD ( 2010.3 Tokyo Institute of Technology )
Research Interests
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Transgenerational Inheritance
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ATF7
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Spermatozoa
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Genome Editing
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Environmental stress-induced epigenetic change
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Epigenetics
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Pathogenic Variant
Research Areas
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Life Science / Molecular biology / Epigenetics
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Life Science / Genome biology / Genome editing
Education
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Tokyo Tech Graduate School of Bioscience
2006.4 - 2010.3
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Tokyo Institute of Technology School of Bioscience
2002.4 - 2006.3
Research History
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Nippon Medical School Department of Bioregulation Associate Professor
2021.10
Country：Japan
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RIKEN, BRC Next Generation Human Disease Model Team R&D Researcher
2019.4 - 2021.9
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RIKEN, tsukuba Molecular Genetics Lab. Cooperative Research Fellow
2013.4 - 2019.3
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RIKEN, tsukuba Molecular Genetics Lab. Special Postdoctoral Researchers Program
2010.4 - 2013.3
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Tokyo Institute of Technology Graduate School of Bioscience JSPS・DC2
2009.4 - 2010.3
Professional Memberships
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THE MOLECULAR BIOLOGY SOCIETY OF JAPAN
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The Japanese Cancer Association
Papers
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ATF7-Dependent Epigenetic Changes Are Required for the Intergenerational Effect of a Paternal Low-Protein Diet Reviewed
Keisuke Yoshida, Toshio Maekawa, Nhung Hong Ly, Shin-ichiro Fujita, Masafumi Muratani, Minami Ando, Yuki Katou, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Katsuhiko Shirahige, Mariko Okada, Takashi Ito, Bruno Chatton, Shunsuke Ishii
Molecular Cell 2020.3
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Mapping of histone-binding sites in histone replacement-completed spermatozoa Reviewed
Keisuke Yoshida, Masafumi Muratani, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Yuki Katou, Katsuhiko Shirahige, Takashi Ito, Shunsuke Ishii
Nature Communications 9 ( 1 ) 2018.9
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Yoshida K, Maekawa T, Zhu Y, Renard-Guillet C, Chatton B, Inoue K, Uchiyama T, Ishibashi K, Yamada T, Ohno N, Shirahige K, Okada-Hatakeyama M, Ishii S
Nature Immunology 16 ( 10 ) 1034 - 1043 2015.10
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Cohesin mediates transcriptional insulation by CCCTC-binding factor. Reviewed
Wendt KS, Yoshida K, Itoh T, Bando M, Koch B, Schirghuber E, Tsutsumi S, Nagae G, Ishihara K, Mishiro T, Yahata K, Imamoto F, Aburatani H, Nakao M, Imamoto N, Maeshima K, Shirahige K, Peters JM
Nature 451 ( 7180 ) 796 - 801 2008.2
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Phosphoproteomic Analysis Identified Mutual Phosphorylation of FAK and Src as a Mechanism of Osimertinib Resistance in EGFR-Mutant Lung Cancer
Takehiro Tozuka, Rintaro Noro, Keisuke Yoshida, Satoshi Takahashi, Mariko Hirao, Kuniko Matsuda, Yasuhiro Kato, Shinji Nakamichi, Susumu Takeuchi, Masaru Matsumoto, Akihiko Miyanaga, Shinobu Kunugi, Kazufumi Honda, Jun Adachi, Masahiro Seike
JTO Clinical and Research Reports 5 ( 4 ) 100668 - 100668 2024.4
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Intergenerational effect of short-term spaceflight in mice. Reviewed International journal
Keisuke Yoshida, Shin-Ichiro Fujita, Ayako Isotani, Takashi Kudo, Satoru Takahashi, Masahito Ikawa, Dai Shiba, Masaki Shirakawa, Masafumi Muratani, Shunsuke Ishii
iScience 24 ( 7 ) 102773 - 102773 2021.7
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Stress-induced and ATF7-dependent epigenetic change influences cellular senescence. Reviewed International journal
Toshio Maekawa, Binbin Liu, Yang Liu, Keisuke Yoshida, Masafumi Muratani, Bruno Chatton, Shunsuke Ishii
Genes to cells 24 ( 9 ) 627 - 635 2019.9
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RNA-Sequencing Analysis of Paternal Low-Protein Diet-Induced Gene Expression Change in Mouse Offspring Adipocytes Reviewed
Nhung Hong Ly, Toshio Maekawa, Keisuke Yoshida, Yang Liu, Masafumi Muratani, Shunsuke Ishii
G3 9 ( 7 ) 2161 - 2170 2019.7
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The Transcription Factor ATF7 Controls Adipocyte Differentiation and Thermogenic Gene Programming. Reviewed International journal
Yang Liu, Toshio Maekawa, Keisuke Yoshida, Masafumi Muratani, Bruno Chatton, Shunsuke Ishii
iScience 13 98 - 112 2019.3
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Telomere shortening by transgenerational transmission of TNF-α-induced TERRA via ATF7. Reviewed International journal
Binbin Liu, Toshio Maekawa, Keisuke Yoshida, Nhung Hong Ly, Kimiko Inoue, Ayumi Hasegawa, Bruno Chatton, Atsuo Ogura, Shunsuke Ishii
Nucleic acids research 47 ( 1 ) 283 - 298 2019.1
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ATF7 mediates TNF-α–induced telomere shortening Reviewed
Toshio Maekawa, Binbin Liu, Daisuke Nakai, Keisuke Yoshida, Ken-ichi Nakamura, Mami Yasukawa, Manabu Koike, Kaiyo Takubo, Bruno Chatton, Fuyuki Ishikawa, Kenkichi Masutomi, Shunsuke Ishii
Nucleic Acids Research 46 ( 9 ) 4487 - 4504 2018.2
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Liu, Y., Maekawa, T., Yoshida, K., Kaneda, H., Chatton, B., Wakana, S., Ishii, S.
FEBS Open Bio 7 ( 10 ) 1598 - 1610 2017
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Microarray expression analysis of genes involved in innate immune memory in peritoneal macrophages Reviewed
Keisuke Yoshida, Claire Renard-Guillet, Kentaro Inoue, Katsuhiko Shirahige, Mariko Okada-Hatakeyama, Shunsuke Ishii
Genomics Data 7 90 - 91 2016.3
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Innate immune memory via ATF7-dependent epigenetic changes Reviewed
Yoshida, K., Ishii, S.
Cell Cycle 15 ( 1 ) 3 - 4 2016
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ATF7 ablation prevents diet-induced obesity and insulin resistance Reviewed
Liu, Y., Maekawa, T., Yoshida, K., Furuse, T., Kaneda, H., Wakana, S., Ishii, S.
Biochemical and Biophysical Research Communications 478 ( 2 ) 696 - 702 2016
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姉妹染色分体間の接着因子,コヒーシンの新たな機能
MAESHIMA KAZUHIRO, YOSHIDA KEISUKE, SHIRAHIGE KATSUHIKO
蛋白質 核酸 酵素 53 ( 11 ) 1337 - 1344 2008.9
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[Function of cohesin in transcription]. Reviewed
Kazuhiro Maeshima, Keisuke Yoshida, Katsuhiko Shirahige
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme 53 ( 11 ) 1337 - 44 2008.9
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アレイ解析 臨床応用を目指して 基調講演 コヒーシンタンパクの転写に置ける役割
白髭 克彦, 吉田 圭介, 坂東 優篤, 前島 一博, 伊藤 武彦, 広田 亨, 近藤 達郎
Cytometry Research 18 ( Suppl. ) 46 - 46 2008.6
Books
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父親の環境ストレスの遺伝
吉田 圭介,石井 俊輔（ Role： Contributor実験医学 2021年4月号 -世代を超えるエピゲノム-）
羊土社 2021.3
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Transmission of epigenetic change
（ Role： Contributor）
2020.1
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ATF7 induces innate immune memory in macrophage via epigenetic changes
Keisuke Yoshida, Shunsuke Ishii（ Role： Joint authorSaibou Kougaku）
2016.3
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Analysis for chromatin structure in higher eukaryote using ChIP-chip method
Keisuke Yoshida, Masashige Bando, Yotaka Kahoh, Katsuhiko Shirahige（ Role： Joint authorZikken Igaku）
2007.1
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自然免疫記憶とエピゲノム変化
吉田圭介, 石井俊輔（ Role： Contributor臨床免疫・アレルギー科 第76巻第1号 「解説」）
科学評論社 2021.7
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エピゲノム記憶によって誘導される訓練免疫
吉田 圭介（ Role： Contributor化学と生物 3月号 今日の話題）
学会出版センター 2021.3 （ ISBN:476220837X ）
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Epigenome defined by outer environment
Keisuke Yoshida, Shunsuke Ishii（ Role： Joint authorZikken Igaku）
2016.6
Presentations
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次世代へと継承されるエピゲノム変化を制御する ATF7 の機能解析
吉田 圭介, 前川 利男, Ly Nhung, Claire Renard-Guillet, Bruno Chatton, 白髭 克彦, 石井 俊輔
第10回 日本エピジェネティクス研究会年会 2016.5
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ChIP-chip解析により明らかになったヒト染色体上でのコヒーシンとCTCFの共局在とその生物学的意義
吉田 圭介, 坂東 優篤, 前島 一博, 伊藤 武彦, 広田 亨, 白髭 克彦
第25回染色体ワークショップ 2008.1
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ATF-7 controls epigenetic memory of pathogen infection in macrophages
Gordon Research Conference -Epigenetics- 2013.8
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ATF7 mediates LPS-induced epigenetic changes in macrophages involved in innate immune memory
The 40th Naitou Conference -Epigenetics- 2015.9
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父親の環境ストレスによる精子エピゲノム変化と継世代遺伝 Invited
吉田圭介, 石井俊輔
日本遺伝学会第93回大会 2021.9
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ヒト培養細胞におけるコヒーシンのゲノムワイドな結合領域の特定とその機能解析
吉田 圭介, 坂東 優篤, 伊藤 武彦, 広田 亨, 白髭 克彦
第29回 日本分子生物学会年会 2006.12
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Analysis for trans-generational inheritance of epigenetic change induced by pathogen infection via ATF7 International conference
Keisuke Yoshida
Innate Immune Memory 2017 2017.3 Wellcome Genome Campus
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ATF7-dependent epigenetic change is required for intergenerational effect of paternal low-protein diet
2019.12
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宇宙マウスとその子供達のはなし Invited
吉田圭介
日本遺伝学会 第95回大会 公開市民講座『宇宙環境と遺伝』 2023.9
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Effect of environmental stress in father on offspring phenotype Invited
Keisuke Yoshida
2021.11
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Inheritance of environmental stress-induced effect via sperm epigenome Invited
Keisuke Yoshida
EEG The 1st ONLINE symposium 2021.10
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吉田圭介, 坂東優篤, 前島一博, 伊藤武彦, 広田亨, 白髭克彦
日本環境変異原学会公開シンポジウム講演要旨集 2008
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白髭克彦, 吉田圭介, 坂東優篤, 前島一博, 油谷浩幸, 広田亨, 伊藤武彦
日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 2008
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CTCF依存的であるコヒーシン新規機能の解析
吉田圭介
第7回核ダイナミクス研究会 2007.9
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ChIP-chip解析により明らかになったヒト染色体上でのコヒーシンとCTCFの共局在とその生物学的意義
吉田 圭介, 坂東 優篤, 前島 一博, 伊藤 武彦, 広田 亨, 白髭 克彦
第30回 日本分子生物学会年会 2007.12
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ATF-7 functions as repressor for inflammatory response
2011.12
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Functional analysis for mouse ATF-7 in macrophage during inflammation
2012.12
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ATF7 mediates LPS-induced epigenetic changes in macrophages
2015.12
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Maintenance and inheritance of chromatin structure altered by environmental stress via epigenetic change Invited
Keisuke Yoshida
9th Symposium of the Smart-Aging Research Center, TOHOKU University 2021.2
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Analysis for trans-generational inheritance of epigenetic change induced by pathogen infection via ATF7
The 12th Fujihara Seminar 2017.9
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単一成熟精子画分を用いた残存ヒストン結合領域の同定
吉田圭介
第12回日本エピジェネティクス研究会年会 2018.5
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父親の環境ストレスの遺伝メカニズム Invited
吉田圭介
環境ホルモン学会 自由集会５「内分泌かく乱物質とエピジェネティクス」 2022.6
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父親の炎症ストレスが子供の腎機能に与える影響
吉田圭介
第46回日本分子生物学会年会 2023.12
Research Projects
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Study of environmental factor-induced diversity in disease phenotype
2020.10 - 2024.3
AMED Advanced Research and Development Programs for Medical Innovation (PRIME) PRIME
Keisuke Yoshida
Authorship：Principal investigator
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Analysis for sperm epigenome regulated by ATF7 using complete mature sperm
Grant number：18K06189 2018.4 - 2021.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C) Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Keisuke Yoshida
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Grant amount：\4290000 （ Direct Cost: \3300000 、 Indirect Cost：\990000 ）
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Molecular mechanism for inheritance trait from parental hygiene environment
2017.4 - 2019.3
Takada Science Foundation Grant-in-Aid for life-science research
Keisuke Yoshida
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
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Molecular analysis of effect of infection stress into the next generation
Grant number：16K18497 2016.4 - 2019.3
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Young Scientists (B) Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
Keisuke Yoshida
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Grant amount：\4160000 （ Direct Cost: \3200000 、 Indirect Cost：\960000 ）
Recent reports indicate that paternal environmental stress affects phenotype in offspring beyond generation. In this study, I tried to reveal "whether paternal immune stress affects pathogenic resistance in offspring" using mice. Here, it's observed that amount of specific type of methylated histone was changed in mouse sperm by infection stress. Furthermore, offspring from father mouse which have infected exhibited increased gene expression of inflammation-related genes.
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ヒトコヒーシンの果たすインシュレーター機能の分子機構の解明
Grant number：09J08261 2009
日本学術振興会 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費 特別研究員奨励費
吉田 圭介
Grant amount：\700000 （ Direct Cost: \700000 ）
細胞のもつ遺伝情報を次世代へと恒常的に継承するためには、細胞の持つ染色体DNAを正確に複製し、また、これを確実に次世代の細胞へと等分配することが必須である。この分配機構において、中心的な役割を果たすのがコヒーシン複合体である。コヒーシンは、リング状の特徴的な構造を持つタンパク質複合体で、複製された2分子のDNAを細胞分裂までリング内部に束ねることで、DNAの等分配を保障している。コヒーシンは、染色体の分配因子として良く研究がされている一方で、DNA修復や遺伝子の転写制御にも関与している可能性が示唆されていた。そこで申請者は、ヒト染色体上にコヒーシンが結合する領域に何か特徴があるのではないかと考え、ChIP-chip法(クロマチン免疫沈降法とDNAチップ解析を組み合わせた手法で、目的タンパク質の染色体上結合領域を網羅的に特定することが出来る)を用いてヒト培養細胞を解析した。その結果、コヒーシンがインシュレーター領域(転写活性化DNA領域と遺伝子の相互作用を遮断する領域)に局在していることを発見した。さらにコヒーシンの分子生物学的な解析を行った結果、コヒーシンがインシュレーター因子であるCTCFを介した転写制御に関与していることが分かった。また、過去の知見を踏まえると、この制御機構が分化発生段階で調節される遺伝子の発現調節において重要な役割を持っているのではないか、と筆者は考えた。そこで、マウスをモデル生物として、分化発生段階でコヒーシンの結合がどのように変化していくのか、同様にChIP-chipを用いて調べることにした。現在は、マウスの初期胚盤胞のサンプルを作成中である。予備実験として、10,000個のMEF(マウス繊維芽細胞)を用いたクロマチン免疫沈降に成功しているので、初期胚のサンプルが整い次第、ChIP-chip解析実験を行う予定である。
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Transgenerational inheritance of altered gene expression via stress
Grant number：23659165 2011 - 2012
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
MAEKAWA Toshio, YOSHIDA Keisuke
Grant amount：\3770000 （ Direct Cost: \2900000 、 Indirect Cost：\870000 ）
A paternal “low-protein” diet altered gene expressions, mainly involved in lipid and cholesterol biosynthesis, in the livers of offspring even though the maternal diet was unaltered (Carone BR, Cell, 2010). We have studied the effect of ATF-7 on these gene expressions and have found that using Atf-7 knockout male mice low-protein diet didn’t alter expressions of cholesterol biosynthesis genes. And we have found that ATF-7 binds to the promoter regions of about half of these cholesterol biosynthesis genes. And also, in the promoter regions of these genes, the degrees of histone H3K9 methylation were reduced.
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Molecular analysis for chromatin structure conserved beyond generations
Grant number：22870038 2010 - 2011
Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Research Activity start-up Grant-in-Aid for Research Activity start-up
YOSHIDA Keisuke
Authorship：Principal investigator Grant type：Competitive
Grant amount：\3146000 （ Direct Cost: \2420000 、 Indirect Cost：\726000 ）
ATF-7 is reported to contribute to transgenerational effect of heat shock stress in fly. This time, I investigated molecular function of ATF-7 in innate immunity system using resident peritoneal macrophages. ChIP-chip results with ATF-7 antibody showed ATF-7 binds to promoter region of several tens of innate immunityrelated genes. At these sites, H3K9me2 level decrease and gene activity is enhanced in ATF-7 KO. I found that after treating macrophages by innate immune stress, ATF-7 binding and H3K9me2 level is decreased.